La función del Secretariado Ejecutivo es llevar el registro de Certificadoras y Capacitadores aprobados por el esquema. También será responsabilidad del Secretariado Ejecutivo el difundir los documentos técnicos y regulaciones del Esquema, la organización de Talleres y Seminarios de Calibración para todos los proveedores del Programa. El Secretariado Ejecutivo de ChileG.A.P. recae sobre el Gerente de Desarrollo de la Fundación para el Desarrollo Frutícola.