ChileG.A.P. está organizado en base a tres estamentos básicos: Comité Directivo, Comité Técnico y Secretariado Ejecutivo. Los Organismos de Certificación corresponden a instituciones independientes, encargadas de certificar el cumplimiento del protocolo por parte de los predios de las empresas participantes.
El comité Técnico se encarga de analizar, evaluar, desarrollar y proponer al comité Directivo las Regulaciones Generales del Esquema, así como la generación de todos los documentos técnicos de ChileG.A.P. El Comité Técnico está conformado por:
• 5 destacados especialistas del sector exportador
• 5 especialistas representantes de los productores
• El Gerente de Desarrollo de la Fundación para el Desarrollo Frutícola
